2020年06月26日

プロジェクト・ディスカバリー応援 第三弾

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コロナウィルスと戦う世界、それはニューエデンも例外ではなかった(ちょっと前ならキョウノーク感染症が猛威を振るっていたが)。

という非常に雑なフリのもと、プロジェクト・ディスカバリーの第三弾がスタートしました。

プロジェクト・ディスカバリー

今回は、フローサイトメトリー(Flow Cytometry)という技術を用いて解析された細胞を分析します。分析手法はゲーティング(Gating)と呼ばれ・・・と難しい単語がいっぱいでてきますが、頭を空っぽにしてみてみれば、今回のプロジェクトディスカバリーは「色がついている点のグループを、線で切り分ける」という非常にシンプルな形になっています。

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おーまいがっ!


前回のように変光星や黒点などのパターンを覚えて読み取ったり、前々回のように細胞内の様々なものの特徴を覚えたりしなくても、誰でもシンプルに取り組めるわけです。おかげで今回はフローサイトメトリーに関するいくつかの解説記事以外は読んでません!英語の論文とかを読まなくてもよいのは正直助かりますね。

その代わり、今回は「専門知識を学ぶことがプロジェクトディスカバリーの攻略に繋がらない」ということでもあります。むしろチュートリアルを見ても「囲ってみてね」「この中には2個のクラスターがあります」「次は5個」の3パターンのみ。例えば、何々細胞はこういう形・・・とか、ブワー広がっていたらどうこう・・・とか、そういうのが一切ありません。ただ見て囲うのみ。そのためか、一部の人々にとっては逆にとっつきにくくなっているようです。

幸運なことにONCBNには実際にサイトメトリーによって得られたデータをゲーティングしてみた経験のある(ガチガチのガチな)方がおり、意見交換によって様々な知見を得ることができました。曰く。

今回は逆に、何も考えずにやったほうがいい


実際、ゲーティングのコツや手法、着眼点というようなものを沢山聞くことができました。しかしそれは今回アンドレア・コッサリッツァ教授達が望むような形では無いということです。おそらくそういった余分な知識を与えない状態で、チュートリアル、そして時折出現するゴールドスタンダードによる精度チェックでプレイヤーの感覚そのものを補正し、ゲーティングを無心に行った状態のデータを収集したいのではないか、ということで意見は一致しています。
そしてそれはせっかく聞いたことをこの場で開帳できない理由でもあります。余計な知識をつけてほしくないのだ、という意図を崩すのは避けたい・・・。どうしても気になる人は彼はTwitterなどでその手法を公開しているので探してみてください。

ただし、これだけは覚えておいたほうがいい、という情報もあります。
それは精度チェック問題としてたまーに出てくるゴールドスタンダードのこと。パッと正解の形が出て、しかも精度が出る。人はこれを見てどう思うかというと、どうしても「ああ、なるほどこの形に寄せなければならないんだな」と思ってしまいます。これは感覚の補正としては誤った方向性です。
ゲーティングの目的は囲うことではなく、本質は「クラスター(点の集まり)を区切って分けること」です。提示されたゴールドスタンダードの形に寄せることでなるほど精度は上がりますが、実際に精度がどういう基準で上下しているかというのは、形に寄せる(つまりゴールドスタンダードと実際にゲーティングした形の差異・面積の違いなどを小さくする)ことによってではなく、より「区切りがいい感じにできてる度」のようなものによって判定されているのではないか、と。それも特に境界線などの問題ではなく「ゲーティングするならここは押さえておかないとねポイント」のようなものです。実際、感覚で勝負するタイプの人がチャチャっと区切ったものが、やけに高い精度をたたき出していたりします。


というわけで、もしちょっとプロジェクトディスカバリー、精度が上がらないと思ったら?なんか難しいな、と感じてしまったら?

・サンプル(ゴールドスタンダード)を素直な気持ちで受け入れる。「へーそうなんだ、なるほどこういうかんじなのね」というようなひらがなで思考する感じで。
・それによって自分の感覚を直すことを意識する。点がどうなっていたからゲートはこう、とかあまり分析しない。
・ある程度速度は上げてみる。もちろん余計な事を考えないように。

というような、まさに「考えるな感じろ」という感覚勝負の世界へ自分をたたき込むことが今回のプロジェクト・ディスカバリーの鍵になるでしょう。ちゃっちゃかやって、なおかつ高い精度をたたき出している人は、わりと短時間で数を(それこそ制限に引っかかるくらいのペースで)こなしています。

さあ、この結果が実際の研究にどう関わってくるのかな・・・というような素朴な疑問を心に棚を作ってしまいこみ、回せ!ひたすらに回すべし!
posted by Quote Mraz at 07:50| Comment(0) | Wiki編集記 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする
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